Il 12 dicembre 1991 la Comunità Europea ha adottato la Direttiva 676/91/CEE relativa alla protezione delle acque dall'inquinamento provocato dai nitrati provenienti da fonti agricole, sulla base dalla presa di coscienza che l'uso eccessivo di fertilizzanti azotati e di concimi organici costituisce un rischio ambientale e che i nitrati di origine agricola rappresentano una delle cause principali dell'inquinamento diffuso dei corpi idrici.
 
Livelli elevati di nitrati (unitamente ad altri nutrienti come il fosfato) possono provocare nei corpi idrici superficiali fenomeni di eutrofizzazione, causando una crescita eccessiva delle piante acquatiche (generalmente alghe) e un conseguente consumo estremo dell’ossigeno disciolto, pregiudicando drasticamente la biodiversità e gli equilibri degli ecosistemi. Nei corpi idrici sottosuperficiali (le falde freatiche) esiste, inoltre, un problema diretto di potabilità dell’acqua e di tossicità per l’uomo.
 
I nitrati in eccesso provenienti dalle fertilizzazioni organiche e chimiche, infatti, si dissolvono facilmente nell'acqua, la cui eccedenza nel suolo può raggiungere i corpi idrici scorrendo sul terreno saturo durante le piogge intense oppure colando nelle falde freatiche. Tali perdite di azoto, definite come perdite per lisciviazione, sono influenzate da diversi fattori:
 
periodo di distribuzione dei fertilizzanti in relazione alla copertura del suolo (il terreno nudo tende a perdere molti nitrati) e all’efficienza di utilizzazione da parte delle colture;
pratiche colturali: le lavorazioni frequenti e profonde diminuiscono il tenore di sostanza organica nel suolo;
contenuto di sostanza organica: l’humus è in grado di trattenere molti nutrienti, tra cui il nitrato;
tessitura del terreno: suoli sabbiosi o poggianti su rocce fessurate tendono a non trattenere l’acqua in eccesso favorendo il suo percorso fino alla falda freatica sottostante (fenomeno accentuato nel caso di falda superficiale);
pendenza del terreno: con pendii superiori al 10÷15% si accresce il fenomeno del ruscellamento superficiale;
metodi irrigui: i metodi a bassa efficienza come lo scorrimento causano eccessi di acqua in grado di lisciviare grandi quantità di nitrati.
 
Considerate tali premesse, la Direttiva ha previsto che gli Stati membri individuassero le Zone Vulnerabili all’inquinamento da nitrati, progettando ed attuando in esse degli specifici Programmi d'Azione volti a ridurre l'inquinamento idrico tramite misure intese a limitare l'impiego in agricoltura di tutti i fertilizzanti contenenti azoto e stabilendo restrizioni specifiche nell'impiego di concimi organici di origine animale.
 
I dettami della Direttiva Nitrati si sono quindi trasferiti attraverso i recepimenti nazionali sino al livello Regionale, inizialmente con la l.r. 37/1993 e, successivamente, con modifiche e integrazioni del Programma d’Azione Regionale originario in seguito ai recepimenti del d.lgs. 152/1999, del d.lgs. 152/2006 e del d.m. 7/4/2006. L’attuale Programma d’Azione è definito dalla d.g.r. VIII/5868 del 21 Novembre 2007; esso riguarda sostanzialmente:
 
le aziende zootecniche che producono e/o utilizzano azoto proveniente da effluenti di allevamento;
le aziende non zootecniche che utilizzano azoto proveniente da effluenti di allevamento tramite “contratto di valorizzazione”;
le aziende non zootecniche che utilizzano azoto proveniente da fertilizzanti di sintesi o comunque diversi dall’effluente di allevamento;
le aziende che utilizzano acque reflue, ai sensi dell’art. 101, comma 7, lettere a,b,c del d.lgs 152/2006 e le piccole aziende agroalimentari;
le aziende che utilizzano acque di vegetazione e sanse umide provenienti dall’attività di frantoi oleari.
 
Il Programma d’Azione, per queste aziende, disciplina:
l’utilizzazione agronomica di diverse fonti di azoto:
-         letami e materiali palabili ad essi assimilati;
-         liquami e materiali non palabili ad essi assimilati;
-         concimi azotati ed ammendanti organici;
-         fanghi provenienti da impianti di depurazione;
-         digestato anaerobico degli effluenti di allevamento o di materiale vegetale;
-         acque reflue, così come definite dall’art. 101, comma 7, lettere a,b,c del d.lgs
             152/2006;
-         acque di vegetazione e sanse umide provenienti dall’attività di frantoi oleari.
le pratiche agronomiche e colturali;
le modalità e il dimensionamento degli stoccaggi dei fertilizzanti azotati, compresi gli effluenti di allevamento;
le limitazioni spaziali, temporali e quantitative delle fertilizzazioni azotate in funzione della localizzazione dei terreni in Zona Vulnerabile o in Zona Non Vulnerabile;
gli adempimenti amministrativi da presentare ai Comuni su cui insiste il centro aziendale (Programmi Operativi Aziendali, di validità quinquennale e da ripresentare in caso di modifica sostanziale della gestione dell’azoto, e Piani di Utilizzazione Agronomica, la cui redazione è annuale), da eseguire tramite un apposito applicativo informatico in ambiente SIARL e il cui livello di dettaglio è dipendente dalla localizzazione dell’azienda in Zona Vulnerabile o in Zona Non Vulnerabile e dal quantitativo totale annuale di azoto prodotto e/o utilizzato;
la tempistica degli eventuali adeguamenti strutturali: secondo quanto stabilito dalla d.g.r. n°10892 del 23 dicembre 2009, il termine per gli adeguamenti strutturali (essenzialmente gli stoccaggi e il carico d’azoto) è posto al 31 dicembre 2010;
il trasporto degli effluenti di allevamento;
il monitoraggio delle operazioni aziendali, da realizzare tramite registrazione delle fertilizzazioni entro 10 giorni dalle distribuzioni identificando gli appezzamenti su Carta Tecnica Regionale o su altro strumento idoneo.